Het projectbureau van het NCSI bestaat uit een directeur en een elftal medewerkers. Het elftal is opgebouwd uit acht programmamanagers en projectleiders die deels volledig en deels voor 0,2 tot 0,5 fte aan het centrum zijn verbonden. In het laatste geval zijn ze afkomstig van de organisaties die het initiatief hebben genomen tot de oprichting van het NCSI en nu het bestuur vormen. Daarnaast bestaat het projectbureau uit een communicatieadviseur, een office manager en een projectsecretaresse / webbeheerder.